16日に決定された2016年度税制改正では、物流総合効率化法に代わるものとして国土交通省が要望していた新たな倉庫の税制特例が認められたほか、環境対策として都市鉄道の旅客列車などを活用した新たな物流システム構築についての特例もほぼ要求どおり認められた。自動車の車体課税見直しについては、17年度に自動車取得時の「環境性能割」を導入することとし、営業用の重量車については、現行の自動車取得税に比べて15年度燃費基準「達成」以上で税率が引き下げられる。
　
　新たな倉庫税制では、これまで物流総合効率化法を通じて支援してきた環境対策に加え、労働力不足などへの対応を盛り込んだものとなっており、倉庫にトラック営業所などの輸送拠点を併設する場合やトラック予約受付システムを導入する場合に、倉庫事業者が保有する倉庫施設と附属施設について、「所得税・法人税の割増償却を5年間10％」「固定資産税等の課税標準を5年間2分の1」の特例が受けられる。
　倉庫に輸送拠点を設けることによる営業所～倉庫間の回送距離削減などによって労働力不足対策につなげることが狙い。
　
　また、都市鉄道の旅客列車などを利用した貨物輸送については、貨物用鉄道車両の課税標準を5年間3分の2（中小鉄軌道事業者は5年間5分の3）、貨物搬送装置の課税標準を5年間5分の3とする。
　自動車の車体課税については、中・重量車のグリーン化特例を現行制度のまま16年度も延長するとともに、以前より「消費税率10％引き上げ時に廃止する」としていた自動車取得税に代わり、17年度に「環境性能割」を導入する。
　「環境性能割」は、新車・中古車の購入の際に、自動車税に上乗せするもので、営業用重量車の場合、15年度燃費基準「達成」では現行の自動車取得税で1.2％となっている税率が1％に引き下げられる。同様に、15年度燃費基準「＋5％達成」では0.8％が0.5％に、「＋10％達成」では0.4％が0％にそれぞれ引き下げられる。「＋15％達成」（0％）と「未達成」（2％）については現行のまま。
　
　このほか、ＪＲ貨物が取得する機関車・コンテナ貨車の固定資産税の特例措置を2年間延長することなどが盛り込まれている。

　郵便事業との公平公正な競争を求め、11月に全国54紙に意見広告を掲載したヤマト運輸（長尾裕社長）は19日、ホームページ上に意見広告に関する特設サイトを開設した。
　
　ヤマト運輸には12月15日現在、意見広告に関して2137件の声が寄せられ、このうち「支持」が81％、「不支持」が13％にのぼるという。特設サイトはこれらの意見の中で、質問や批判的な意見が多かった次の項目について説明する内容。
　
　◎「郵便業務」のユニバーサルサービスについて＝「優遇をなくしたら全国均一料金で届く郵便のユニバーサルサービスは維持できないのではないか」「日本郵便への優遇は当然ではないか？そもそもヤマト運輸も優遇措置を受けているではないか？」「郵便は全国一律料金、宅急便は離島料金を取っているのでは？過疎地の配達は日本郵便に委託しているのが現状ではないか？」。
　2、「信書」について＝「意見する前に、ヤマト運輸も一般信書便事業へ参入すべきだ」「信書の制度はわかりにくい」。
　3、「意見広告」について＝「意見広告は日本郵便への批判か？」「意見広告で解決することではない。それよりサービス向上に励むべきだ」。
　4、「クロネコメール便」について＝「クロネコメール便は採算があわないのでやめたのでは？」「クロネコメール便の復活を期待する」。

　ヤマト運輸では今後、2016年1月31日まで意見を募集し、2月にサイトを更新する予定としている。